La défense de la laïcité fait partie intégrante des actions conduites par la MGEN.
La MGEN revendique, depuis sa création, son attachement à la laïcité et aux Droits de l’Homme.
Elle est ainsi partenaire des Rendez-vous annuels de l’histoire de Blois. Avec le Groupe d’histoire sociale, elle y organise le « Prix de l’Initiative laïque passée/présente » qui récompense les auteurs d’un ouvrage destiné à faire la promotion ou à défendre la laïcité. Le prix 2008 a été remis à la compagnie "Mémoires vives" pour son spectacle "A nos morts".
Soucieuse de soutenir les initiatives d’actions civiques et d’éducation à la paix, elle s’est également associée au Mémorial de Caen qui, chaque année, organise un concours de plaidoiries auprès des lycéens. Des plaidoiries destinées à illustrer le combat pour la défense des Droits de l’Homme, la lutte contre toutes formes de discrimination et d’oppression. La MGEN remet chaque année un « Prix spécial de l’engagement citoyen ».
Déjà partenaires de l’opération «des écoles pour revivre», la MGEN et l’ UNICEF ont renforcé leurs liens à travers un accord de trois ans pour l’aide et le suivi d’actions auprès de lycées, sur le thème de la citoyenneté, avec la création d’un réseau de Jeunes ambassadeurs.